Уровень комплектации традиционно указывался буквами в названии модели.
До рестайлинга Peugeot 406 предлагался в трех уровнях оснащения: базовый SR (наиболее распространен), ST с велюровой отделкой салона, кондиционером и электропакетом, а также топ-версия SL с кожаным салоном и климат-контролем.
После рестайлинга появились обозначения SV, SVE.
Перечень штатного оборудования (устанавливавшегося в базовые версии довольно широкий. Кроме этого, перечень комплектаций мог дополняться дополнительными боковыми подушками безопасности и подушками, предохраняющими от травм колени водителя, системой курсовой стабилизации и устойчивости, полным электропакетом, пиротехническими ремнями безопасности, различными вариантами аудио установок и т.д.

• Центральный замок с ДУ;
• Иммобилайзер;
  
• Гидроусилитель руля с реактивным действием;
  
• Подушка безопасности водителя;
  
• Передние электростеклоподъемники;
  
• Электрообогрев заднего стекла и зеркал заднего вида;
  
• Регулировка рулевой колонки высота/длина;
  
• Велюровый салон;
  
• Электрокорректор фар;
  
• Складное заднее сиденье;
  
• Третий стоп-сигнал;
  
• АБС;
  
• Электропривод зеркал заднего вида;
  
• Отделка салона под дерево;
  
• Кондиционер;
  
• Автомагнитола + 6 динамиков с управлением на рулевой колонке;
  
• Краска металлик.